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La electrónica es uno de los puntos fuertes de la Super Ténéré. El motor puede ser regulado igualmente con el sistema D-Mode de Yamaha -T(Town), que le da al motor un carácter más sencillo, y S (Sport), que ofrece el mayor rendimiento en carretera- además de incorporar el control de tracción con tres niveles, el cual puede ser desconectado para su uso en off-road. También posee sistema de frenada combinada ABS inteligente, el cual permite frenar las dos ruedas usando únicamente la maneta izquierda. El control crucero de velocidad se incluye como de serie en la Super Ténéré.
La Super Ténéré es la más aventurera dentro del catálogo de motos trail de Yamaha, de ahí que los japoneses la hayan llamado como su mítica trail de los 90 que era el sueño de todos los que querían emular a los pilotos del Dakar. Monta un motor de dos cilindros en línea de 1200 que ofrece una potencia de 112 CV a 7.250 rpm, que se entregan de manera muy lineal. Está disponible en versión básica y en versión con suspensiones electrónicas, la ZE.
